A stratégiai kutatások előzményei 1996 derekára nyúlnak vissza, amikor a Magyar Tudományos Akadémia tudománypolitikai reform megindítását javasolta a kormánynak. E reform részeként szükségesnek tartotta, hogy a magyarországi kutatók köztestülete, a Magyar Tudományos Akadémia a „nemzet tanácsadója” szerepet felvállalja. Az Akadémia előterjesztése szerint a modern kihívásokra a világban nyíló alternatívák felkutatása, az alternatívák közötti választáshoz a javaslatok kidolgozása a hazai kutatói társadalom feladata. A kormány a javaslatot elfogadta és 1997-ben 300 millió forintot bocsátott a célra a Magyar Tudományos Akadémia rendelkezésére. (A kormány és az Akadémia közötti állásfoglalást a magyar Országgyűlés 1996. december 22-én határozatban erősítette meg.)

A Magyar Tudományos Akadémia az elnök vezetésével tágabb Programtanácsot hozott létre, amelyben a különböző tudományágak képviselői, elsősorban akadémikusok foglaltak helyet. Ezen belül Programbizottságot, amely a kutatási programok irányítását, szervezését, a tanulmányok közzétételét végezte. A kutatások eredményeiről a Magyarország az ezredfordulón című monográfiasorozat, illetve az ezekhez kapcsolódó részkérdésekről a Műhelytanulmányok sorozat számol be. Ugyanakkor 1997-ben folyóirat indult Ezredforduló címmel. A monográfiasorozatot és az Ezredfordulót a mindenkori országgyűlési képviselőknek, vezető kormánytisztviselőknek, a nagyobb világi és egyházi önkormányzatok vezetőinek küldtük meg.

2002 májusában az Akadémia elnöke – távozván megbízatásából –, a Nemzeti Stratégiai Kutatások projektjét Nemzeti Stratégiai Tanulmányok címre javasolta változtatni. Az Akadémia közgyűlése ezt elfogadta, kifejezésre juttatva, hogy új stratégiai kutatásokra az új vezetésnek lehetősége nyílik, a régi Programtanácsot pedig már nem kutatásokra, hanem a magyar tudományosságban meglévő és stratégiai jelentőségűnek ítélt kutatások összefoglalására és publikálására ösztönzi. Így működik a Nemzeti Stratégiai Kutatások folytatásaként ma is a Nemzeti Stratégiai Tanulmányok programja, erősen csökkentett (2007-ben 26 millió forint), elsősorban a publikálásra és szerkesztésre megítélt összegből.

Ugyanakkor a Magyar Tudományos Akadémia vezetősége 2004-től évről évre megállapodást köt a kormánnyal új stratégiai kutatási programok indítására. A új stratégiai kutatások jellege annyiban különbözik a régitől, hogy most már a kormány határozza meg a kitűzendő témákat, de azt továbbra is az Akadémia – a főtitkár által vezetett bizottság – osztja szét autonóm módon. A Magyar Tudományos Akadémia ezzel is jelzi: részt kíván venni a társadalmunkat foglalkoztató, jövőjét érintő nemzetközi és hazai tényezők feltárásában és a mindenkori politikai vezetés segítségére kíván lenni ezen alternatívák kimunkálásában.